Michael Thomas viene de una familia belgo-británica de tradición musical.
Empezó a tocar el piano y el violín a muy corta edad y con tan solo once años fundó uno de los más prestigiosos grupos de música de cámara del mundo, el Cuarteto Brodsky, con el que interpretó conciertos por todo el mundo durante más de 25 años. Estudió en el Royal Northern College of Music (Manchester) con Yossi Zivoni y en el Mozarteum (Salzburgo) con Sandor Vegh y en la dirección con Timothy Reynish y Pierre Boulez.
Las primeras composiciones de Michael fueron un concierto para violonchelo, compuesto a los catorce años, y varios cuartetos de cuerda algo anteriores. Él mismo ha interpretado en repetidas ocasiones su concierto para violín. Su concierto para trompeta y orquesta se estrenó en 2013.
Con quince años formó y dirigió el Cleveland Concertante.
En el mundo del jazz ha trabajado con Ian Carr, Dave Brubeck y Evan Park, en el rock con Elvis Costello, Ofra Haza, Björk, Paul McCartney y Lou Reed, en el flamenco y más allá del flamenco con Raimundo Amador, Estrella Morente, Tomatito y Kiko Veneno y en la música clásica con Yehudi Menuhin, Charles Rosen, Dimitri Ashkenazy, María Joao Pires y Anne Sophie von Otter, entre otros.
Sus arreglos de música de Shostakovich, Gershwin o Falla son frecuentemente solicitados y sus bandas sonoras (Siempre Hay Tiempo, 2009) y canciones (Cartas a Julieta, 1992) han recibido muy buenas críticas. Algunas de estas canciones han sido interpretadas por, entre otros, Miguel Poveda, Chris Porter y Björk, y su ballet (Harold in Islington, publicado por OUP) es la obra de Thomas que en más ocasiones se ha escuchado en directo (giras por Canadá y EEUU por el David Earl Dance Theatre). Su proyecto más reciente ha sido la dirección y el arreglo de las canciones del disco La flor del frío, de Enrique Moratalla.